Фамилия Руденкко — наглядный пример того, как одна лишняя буква может изменить и звучание, и восприятие. В основе лежит украинская фамилия Руденко, одна из самых распространённых на юго-западе России и на Украине. Удвоенная «к» в окончании — это, скорее всего, результат канцелярской ошибки или сознательного искажения при записи в советских паспортных столах: писарь мог машинально повторить букву, а человек не стал исправлять. Встречаются и обратные случаи, когда Руденко теряет одну «к» по невнимательности. Так что перед нами не отдельная ветвь, а орфографический вариант, который закрепился в документах.

Словообразовательная модель тут простая: суффикс -енк(о) — типичный украинский патронимический суффикс, означающий «маленький» или «сын». Он соответствует русскому -енок (телёнок — сын телёнка, то есть потомок). Основа — «Рудь» или «Руд(а)», что восходит к древнерусскому прозвищу Рудой — рыжий, красноватый, цвета ржавчины. Так называли человека с рыжими волосами, с рыжеватой бородой или, реже, с красноватым оттенком кожи. В славянской ономастике прозвища по цвету волос — одни из древнейших, и Рудой стоит в одном ряду с Беляем, Чернышом и Седовым.

Географически фамилия Руденко (и её вариант Руденкко) плотнее всего привязана к землям бывшей Гетманщины: Черниговщина, Полтавщина, Киевщина. В XIX веке, после отмены крепостного права, носители фамилии активно мигрировали на Кубань, в Донбасс и в Сибирь, поэтому сейчас её можно встретить повсеместно, но с явным южнорусским и украинским «акцентом». Сословно это были преимущественно казаки и крестьяне; дворянских родов Руденко почти нет, за исключением нескольких выслужившихся из казачьей старшины.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от имени Рудольф через сокращение Рудя. Но она не выдерживает критики. Рудольф — имя германского происхождения, в крестьянской среде до XX века практически не встречалось, а фамилия Руденко фиксируется в реестрах Войска Запорожского уже в XVII веке. Так что рыжий предок — объяснение и простое, и исторически точное.