Фамилия Рыженин — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, а суффикс указывает на конкретную модель образования. В основе лежит прилагательное «рыжий» — цвет волос, который в крестьянской среде был заметной и часто обыгрываемой чертой. Однако необычен суффикс: не -ов/-ев (Рыжов), не -ин (Рыжин), а -енин. Это указывает на происхождение от прозвища Рыженя — так в северных и центральных говорах называли рыжего человека, причём с оттенком ласкательности или пренебрежения, как «малыш» или «грязнуля». Суффикс -еня в русских прозвищах не редкость (сравните: Молчун — Молченя, Косой — Косеня), поэтому Рыженин буквально означает «потомок Рыжени».

Вторая, менее вероятная версия — связь с гидронимом или названием населённого пункта. В России есть река Рыжена (приток Десны) и несколько деревень с похожими корнями. Если предок переехал оттуда, его могли записать как Рыженин — «выходец с Рыжены». Но для такой гипотезы нет веских доказательств: фамилия встречается редко и не привязана к одному региону.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с однокоренными Рыжов, Рыжков, Рыжиков, но отличается от них не только суффиксом, но и тем, что не утратила прозвищный характер. В документах XVII–XVIII веков, если бы мы нашли запись «Рыженя», это был бы крестьянин или посадский человек, получивший уличное имя за внешность. Позже, при закреплении фамилий, его дети стали Рыжениными — по отцу, а не по общему родовому признаку.

В современных справочниках фамилия не фигурирует среди распространённых, что говорит о её локальном бытовании. Носители Рыжениных — это, скорее всего, потомки одной или нескольких семей из центральной России или Поволжья, где прозвище Рыженя могло закрепиться в документах при переписи.