Фамилия Рыженьков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило в себе уменьшительно-ласкательный суффикс. В отличие от подавляющего большинства «цветных» фамилий (Рыжов, Рыжаков, Рыжиков), здесь мы видим не просто «рыжий», а «рыженький» — то есть не столько констатацию цвета волос, сколько оттенок отношения: ласковое, бытовое прозвище. В русских говорах такая форма часто указывала на молодость носителя или на то, что прозвище дали в кругу семьи, а не на сходке взрослых мужиков.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: основа «рыженьк-» (прилагательное с суффиксом субъективной оценки -еньк-) плюс фамильный суффикс -ов. Это типичная «притяжательная» модель, отвечающая на вопрос «чей?»: сын Рыженького. То есть первый носитель фамилии был, по всей видимости, сыном или потомком человека по прозвищу Рыженький. В отличие от фамилий на -ин (Рыженькин), суффикс -ов в данном случае указывает на более распространённый для центральной России тип образования от прилагательных.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где уменьшительные формы на -еньк- в прозвищах встречались чаще, чем на севере. Встречается она негусто — это редкая фамилия, не попавшая в массовые списки дворянства или купечества. Скорее всего, предки Рыженьковых были крестьянами или мещанами, а прозвище закрепилось за конкретной семьёй в одном-двух сёлах.

Любопытно, что фамилия могла возникнуть и вторично — не от прозвища, а от «уличной» фамилии, которую в документах «облагородили» стандартным суффиксом -ов. В переписях XIX века нередко фиксировали просто «Рыженькой», а при выдаче паспортов или ревизских сказок добавляли окончание, чтобы привести фамилию к общему знаменателю.

Никакой связи с рыжиками (грибами) или рыжей мастью лошадей здесь нет — корень однозначно указывает на цвет волос. Это одна из тех фамилий, где внешность предка описана не сухо, а с долей теплоты, что редкость для русских прозвищ.