Фамилия Рыженькин — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована не напрямую от прилагательного, а через уменьшительно-ласкательную форму прозвища. В её основе лежит не просто слово «рыжий», а его производное «рыженький» — так в народе ласково называли человека с рыжими волосами. Суффикс -еньк- в русских прозвищах и фамилиях встречается нечасто и придаёт основе оттенок мягкости, даже нежности: Рыженький — это не просто «рыжий», а «рыженький, милый рыжик». Фамилия образована по стандартной модели на -ин: от прозвища Рыженька (или Рыженький) с помощью патронимического суффикса, отвечающего на вопрос «чей?» — «сын Рыженького».

Интересно, что фамилия Рыженькин стоит в одном ряду с такими редкими образованиями, как Беленькин, Черненькин, Синенькин. Все они показывают, что предок носителя был не просто обладателем характерного цвета волос, а, вероятно, выделялся этим особенно ярко или же получил прозвище в детстве, когда его рыжина бросалась в глаза. В отличие от массовой фамилии Рыжков (от Рыжко, где суффикс -к- нейтрален), Рыженькин сохраняет уменьшительный оттенок. Это могло указывать на молодость прозываемого или на доброе, шутливое отношение окружающих.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. В XIX веке она фиксировалась преимущественно в крестьянской среде, что типично для прозвищных фамилий на -ин, не связанных с духовенством или дворянством. Встречаются варианты написания с одной «н» (Рыженькин), что объясняется упрощением в устной речи, но исторически верная форма — с двойной, от слова «рыженький». Сословно фамилия не даёт привязки к знатному роду — это чисто народное, бытовое именование, которое мог получить любой крестьянин или ремесленник с рыжей шевелюрой.

Если рассматривать альтернативные версии, то иногда Рыженькиных ошибочно связывают с названием птицы «рыженька» (диалектное название горихвостки или овсянки). Однако это маловероятно: в русской ономастике прозвища по цвету волос встречаются в десятки раз чаще, чем по птицам, а суффикс -еньк- в прозвищах людей — регулярное явление, тогда как для названий птиц он нехарактерен. Таким образом, основная и единственная правдоподобная версия — происхождение от ласкового прозвища рыжего человека.