Фамилия Сабаканов — редкий случай, когда основа почти наверняка ведёт не в славянский, а в тюркский мир. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не «сабака» (собака) в русском значении, а тюркское личное имя или прозвище.

Слово «сабака» (или «сабакан») в ряде тюркских языков, особенно в казахском, башкирском, татарском, означает не собаку, а «щенок», «детёныш». В составе имени или прозвища это могло иметь ласкательный, охранительный смысл — так называли младшего ребёнка, чтобы обмануть злых духов, или же давали имя-оберег, чтобы мальчик рос сильным и здоровым. В некоторых диалектах «сабакан» — это ещё и название дикого зверя, например, волчонка. Таким образом, Сабакан — это древнее тюркское личное имя, которое после крещения в русской среде превратилось в фамилию.

Модель образования проста: тюркское имя Сабакан + русский патронимический суффикс -ов (чей? — Сабаканов). Это указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где тюркские имена уже адаптировались под русскую грамматику, скорее всего, у крещёных татар, башкир или представителей других тюркских народов Поволжья и Приуралья. Встречается она и у русских, но корни её всё равно уходят в ту степь.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Сабакан, данным за внешность или поведение (например, драчливый, «кусачий» человек). Но тюркское происхождение имени-основы выглядит убедительнее, так как прямо подтверждается ономастическими данными по тюркским антропонимам.

Встречается фамилия Сабаканов нечасто, и сосредоточена она в основном в регионах, где исторически был силён тюркский субстрат: в Оренбургской, Челябинской, Курганской областях, а также в Башкортостане и Татарстане. По социальному составу предки носителей этой фамилии были, скорее всего, крестьянами или казаками, но не из знатных родов.