Фамилия Сабаканова — женская форма, а её мужской вариант, Сабаканов, образован по стандартной русской модели на -ов. Основа здесь — прозвище Сабакан, которое, скорее всего, имеет тюркские корни. В языках тюркской группы, особенно в казахском, башкирском, татарском, слово «саба» или «сабак» может означать «урок», «стебель», «колос» или же «сосуд для кумыса». Однако в основе прозвища чаще лежит не прямое значение, а переносное: «сабакан» могли называть человека высокого и худого (как стебель) или, наоборот, крепкого и плотного (как кожаный сосуд). Есть и другая версия: в некоторых диалектах «сабака» — то же, что и «собака», но с характерным тюркским чередованием звуков, и тогда прозвище могло указывать на бдительность, злобность или верность — в зависимости от того, с какой интонацией его дали.

География фамилии Сабаканова сегодня сосредоточена в основном в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане, что подтверждает её тюркское происхождение в зоне активного контакта русских и башкиро-татарских народов. Сабакановы — это, скорее всего, потомки крещёных татар или башкир, либо русских, получивших прозвище от соседей-тюрков. Форма на -ов указывает, что фамилия окончательно оформилась уже в русской языковой среде, когда прозвище Сабакан стали передавать по наследству как родовое имя.

Словообразовательный разбор прост: корень сабакан-, суффикс -ов (в мужском варианте) и окончание -а (в женском). Суффикс -ов — один из самых распространённых в русских фамилиях, он указывает на принадлежность: «сын Сабакана» или «из рода Сабакана». Интересно, что в тюркских языках есть и фамилии без суффикса, например, просто Сабакан, но русская модель добавила окончание, чтобы вписать прозвище в систему родовых имён.

Спорных версий немного: гипотеза о связи с арабским «сабака» (опережать, превосходить) выглядит натянутой, так как в тюркских языках этот корень не зафиксирован как прозвищный. Поэтому более правдоподобной остаётся версия с бытовым или антропоморфным прозвищем, которое дали по внешности или характеру. Фамилия редкая, в дореволюционных списках встречается нечасто, что говорит о её локальном, а не общерусском распространении.