Фамилия Садунова — женская форма, а мужская — Садунов. В её основе лежит не имя и не профессия, а прозвище или географическое название, что делает этимологию не такой прямолинейной, как у фамилий на -ов от крестильных имён.

Самое вероятное объяснение — связь со словом «сад». Прозвище Сад или Садун могли дать человеку, который работал в саду, владел им или жил рядом. В говорах слово «садун» встречается редко, но могло означать садовника или любителя садоводства. Тогда Садунов — буквально «сын Садуна», то есть потомок того, кого окрестили по роду занятий. Суффикс -ун в русских прозвищах указывал на деятеля (говорун, бегун, крикун), так что Садун — естественная модель для прозвища садовника.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — топонимическая. В России есть несколько деревень с названием Садуново (например, в Костромской и Вологодской областях). Фамилия могла возникнуть, когда крестьянин или помещик, переехав в другое место, получал прозвище по покинутой деревне: «откуда? — из Садунова». Такая модель (Садунов → Садунова) типична для фамилий, образованных от названий селений на -ово/-ево.

Третья гипотеза, которую иногда выдвигают, — связь с тюркским корнем «сад» (счастье, удача). Но она слабая: для фамилий на -ов/-ев в русской среде тюркские заимствования редки, а фамилия Садунова не встречается массово в регионах с татарским или башкирским населением. Поэтому садовая версия остаётся основной.

Фамилия не относится к числу частых — в современных базах данных её носителей насчитывается несколько тысяч, преимущественно в центральных и северных областях России: Ивановской, Ярославской, Костромской. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от прозвища садовника или от названия деревни в тех краях.

С точки зрения словообразования, фамилия Садунова укладывается в стандартную модель: основа (Садун) + суффикс принадлежности (-ов) + окончание (-а). Раньше такое окончание указывало на принадлежность женщине (жена или дочь Садуна), но в современном употреблении это просто фамилия, не зависящая от пола носителя.