Фамилия Садунов образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность («чей?»). Основа здесь — Садун. Это неканоническое личное имя или прозвище, которое могло закрепиться за родоначальником. В ономастике слово «садун» неоднозначно, но его значение проще всего связать с глаголом «садить» или существительным «сад».

Вероятнее всего, Садун — это прозвище человека, связанного с садоводством: садовника, владельца сада или того, кто разбивал сады. В говорах слово «садун» зафиксировано именно в таком значении — «садовник» или «любитель сажать». Это объяснение самое прямое и не требует натяжек. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «садить» в значении «ставить, помещать куда-то», что могло относиться к человеку, который, например, сажал гостей за стол или занимался рассадкой в церкви. Однако бытовая логика подсказывает, что прозвище по ремеслу или занятию встречалось чаще.

В белорусских и украинских говорах встречается слово «садун» как название растения или гриба, но в качестве прозвища человека такая параллель маловероятна. Поскольку фамилия имеет типично русский суффикс -ов, её географическое ядро, скорее всего, находится в центральных или южных регионах России, где садоводство было распространённым занятием. Фамилия редкая, в больших справочниках массовых фамилий не фигурирует, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от прозвища одного человека в конкретной местности.