Фамилия Сафонников образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Сафонников послужило церковное имя Софония. Очевидно, Сафоником (а впоследствии Сафонником) прозвали сына человека по имени Сафон, то есть «маленького Сафона» (суффикс -ик имеет уменьшительное значение). Сафон же — это просторечный вариант имени Софонтий или Софония, которое в переводе с древнееврейского означает «Бог скрыл (защитил)». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сафон, со временем получил фамилию Сафонников. О точном месте и времени возникновения фамилии Сафонников в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Сафонников представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.