Фамилия Сафонникова — женская форма от Сафонников, и её разумнее разбирать в мужском варианте. В основе лежит редкое сегодня имя Сафон, которое является народной, разговорной формой канонического имени Софония (от древнееврейского Цефания — «Господь сокрыл» или «Господь защитил»). В русской ономастике это хорошо известный процесс: такие имена, как Софон, Сафон, возникали из-за аканья (произношения «а» вместо «о» в безударной позиции) и упрощения непривычного сочетания звуков.

Суффикс -ник- в фамилии Сафонников указывает на принадлежность к определённой группе людей. В данном случае это модель «имя + -ник», которая в русских фамилиях встречается реже, чем простой патроним на -ов. Фамилии на -ников (как Попов — Поповников, Сафон — Сафонников) обозначали не просто сына Сафона, а скорее «внука» или человека из рода Сафоновых. Двойной суффикс -ов-ник- подчёркивает, что носитель — потомок Сафона, а не его прямой сын.

Если обратиться к географии, фамилия Сафонников (и Сафонникова) тяготеет к южнорусским и центральным областям. В документах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с этим именем в Рязанском и Тамбовском краях. Сафон там не был редкостью — имя давали в память о ветхозаветном пророке Софонии, которого почитали в народе, но в полной, церковной форме оно прижилось слабо.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «сафон» могло стать прозвищем для нерасторопного или простоватого человека, но это вторичное значение, и оно не перекрывает основного — имени. Поэтому предки Сафонниковых — это, скорее всего, крестьяне или ремесленники, носившие редкое церковное имя в его обиходной форме. Фамилия не дворянская, не купеческая, а типичная для основной массы русского населения, где имя отца закреплялось за внуками через двойной суффикс.