Основой фамилии Сафонников послужило церковное имя Софония. Очевидно, Сафоником (а впоследствии Сафонником) прозвали сына человека по имени Сафон, то есть «маленького Сафона» (суффикс -ик имеет уменьшительное значение). Сафон же — это просторечный вариант имени Софонтий или Софония, которое в переводе с древнееврейского означает «Бог скрыл (защитил)».