Фамилия Сафонцев отвечает на вопрос «чей ты будешь?» — и ответ уходит корнями в личное имя Сафон. Это просторечный, обиходный вариант канонического церковного имени Софонтий, которое восходит к древнееврейскому Софония и переводится как «Бог скрыл» или «Бог защитил». Так что предки носителей этой фамилии носили имя, которое должно было оберегать своего владельца.

Сама фамилия — отчество второго порядка. Сначала был Сафон, его сына звали Сафонцем (то есть «сын Сафона», с уменьшительным или обиходным оттенком), а уже внука записывали как Сафонцев — то есть «внук Сафона». Это хорошо видно в словообразовательной цепочке: Сафон → Сафонец → Сафонцев.

Суффикс -ец в основе фамилии — характерная украинская примета. Именно на украинских землях была распространена модель, где отчество образовывали с помощью этого суффикса, а затем к нему наращивали русский патронимический -ов. Так что фамилия Сафонцев, скорее всего, сформировалась на территории современной Украины или в южнорусских областях, где такое смешение моделей было обычным делом.

В русских документах имя Софонтий встречалось часто, но в народе его постоянно переделывали в более удобное для произношения Сафон. Отсюда и пошли многочисленные однокоренные фамилии: Сафонов, Сафончиков, Сафошкин. Сафонцев выделяется на их фоне именно своим «украинским следом» — суффиксом -ец, который в чисто русской традиции был бы неуместен.

Стоит заметить, что версия о происхождении от Софония — основная и наиболее правдоподобная. Альтернативные объяснения, например связь с греческим словом «софос» (мудрый), выглядят натянуто: имя Софонтий уже само по себе имеет библейскую основу, и промежуточное звено Сафон объясняет форму фамилии гораздо естественнее.