Фамилия Сафронеев — один из тех редких случаев, когда за привычным окончанием скрывается нестандартная основа. На первый взгляд кажется, что перед нами типичная патронимическая фамилия на -ев, образованная от имени Сафрон. Но тут загвоздка: полной церковной формы Сафрон в святцах нет. Есть каноническое имя Софроний (от греческого «софрон» — здравомыслящий, благоразумный). В народном обиходе это имя сократили до Сафрон, а в некоторых говорах — до Сафроней. Вот от этой-то разговорной формы Сафроней (или Сафроня) и пошла фамилия Сафронеев. Она буквально означает «сын Сафронея», то есть потомок человека, которого в быту звали не полным Софронием, а его упрощённым вариантом.

Модель образования здесь не совсем обычная. Суффикс -еев указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или на -й. Если бы фамилия пошла напрямую от Сафрон, мы бы получили Сафронов. Но в основе лежит Сафроней, где конечный согласный смягчается, поэтому и возникло окончание -еев, а не -ов. Такая же логика работает в фамилиях Андреев (от Андрей), Тимофеев (от Тимофей) и, например, в редкой фамилии Сафронеев — прямой параллели к Сафронов.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где имя Софроний было особенно популярно в крестьянской среде. В документах XVII–XVIII веков нередко встречаются крестьяне и посадские люди с именем Сафрон, но форма Сафроней фиксируется реже, что делает фамилию Сафронеев менее распространённой, чем Сафронов. Это не ошибка писаря, а живое свидетельство местного произношения: в некоторых говорах имя склоняли как Сафроней — Сафронея, и от родительного падежа («чей сын?» — Сафронеев) закрепилась фамилия.

Есть и альтернативная версия, которую выдвигают некоторые исследователи: основа могла быть не от имени, а от прозвища Сафроней, данного человеку за медлительность или задумчивость (по ассоциации с «софроний» — благоразумный, но в народе это слово иногда иронически переосмысляли). Однако эта гипотеза слабая: прозвище от редкой формы имени маловероятно, проще предположить прямое патронимическое происхождение.

По сословной принадлежности фамилия не даёт чёткой подсказки. Сафронеевы встречались и среди крестьян, и среди мещан, и изредка в купечестве. Судя по тому, что фамилия не получила дворянского распространения, её носители в массе своей были людьми податных сословий. В советское время фамилия сохранилась, но осталась малочисленной — её можно встретить в Поволжье, на Урале и в Сибири, куда предки переселялись в ходе аграрных реформ.