Фамилия Сагандуков — редкая и структурно необычная для русского уха. Её основа — не славянская, а тюркская, что сразу указывает на вероятное происхождение рода из среды татар, башкир, казахов или других народов, говоривших на языках кыпчакской группы. В центре фамилии лежит имя или прозвище Сагандук (Сагандык), которое состоит из двух частей: «саган» и аффикса «-дык/-дук».

Слово «саган» в тюркских языках многозначно. В казахском и башкирском «саган» (или «саған») — указательное местоимение «тебе», но в составе личных имён оно чаще восходит к древнему корню «саг» — «считать, почитать, думать» или к «сагыну» — «тосковать, скучать». Имя Сагандык (Сагандук) у тюркских народов действительно встречается и означает «желанный», «тот, по ком скучали» — так могли назвать долгожданного ребёнка, особенно если предыдущие дети умирали. Суффикс «-дык» образует абстрактное понятие или качество, так что Сагандык буквально — «тоска, скучание», но в переносном смысле — «родной, вымоленный».

Русский суффикс «-ов» превратил это имя в фамилию по стандартной модели, принятой в Российской империи для нерусских народов: «чей?» — Сагандуков, то есть «сын Сагандука». Такая модель массово закреплялась за татарами и башкирами в XVIII–XIX веках при переходе к фамилиям. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Сагандуко́в, как в большинстве фамилий на «-уков».

Географически фамилия Сагандуков тяготеет к регионам с тюркским населением — Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, возможно, Астраханская область. Встречается она крайне редко, и это не случайно: имя Сагандык не было столь же распространено, как, скажем, Ахмет или Мингали, поэтому и фамилия осталась локальной. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её можно найти среди тептярей или государственных крестьян тюркского происхождения.

Есть и менее вероятная, но лингвистически возможная версия: связь с монгольским «саган» — «белый», «светлый». Тогда Сагандук могло бы означать «беловатый», «светленький» — прозвище по цвету волос или кожи. Однако для тюркских языков Поволжья и Урала такая основа нетипична, а вот для калмыков или бурят — вполне, но фамилия Сагандуков у них почти не фиксируется. Поэтому версия с «желанным ребёнком» остаётся основной.

Фамилия не имеет отношения к русским словам «саган» (сосуд) или «саганда» — это случайное внешнее совпадение. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был тюркоязычным крестьянином или воином, получившим имя Сагандык от родителей, которые ждали его с надеждой.