Фамилия Сагандукова почти наверняка имеет тюркское происхождение, причём географически она тяготеет к башкирской или татарской среде. В основе лежит мужское имя Сагандук или Сагандука, образованное по модели, характерной для тюркских народов: корень «саган» (от «сага» — «считать», «почитать» или «благородный олень») плюс аффикс «-дук»/«-дык», который в тюркских языках часто придаёт имени значение «обладающий качеством» или «сделанный». Таким образом, имя могло означать «почтенный», «уважаемый» или, в другой интерпретации, «подобный оленю» (символу красоты и выносливости).

Суффикс «-ов» в окончании фамилии — типичный русский патронимический формант, который добавили при адаптации в русскоязычную среду. То есть изначально это была фамилия Сагандуков, а женская форма Сагандукова возникла по грамматической необходимости. Встречается она в основном у башкир, татар и других народов Урало-Поволжья, где в XIX–XX веках активно записывали фамилии по русскому образцу.

Отдельного внимания заслуживает редкость фамилии. Если судить по открытым данным переписей и телефонных справочников, Сагандуковых — единицы, и почти все они сосредоточены в Башкортостане и прилегающих областях. Это говорит о том, что фамилия не разошлась широко, осталась локальной. Предки носителя, скорее всего, были крестьянами или служилыми людьми из башкирских или татарских родов, получившими фамилию по имени родоначальника.

В ономастике встречаются однокоренные варианты: Сагандыков, Сагандуков (без «а» на конце), а также фамилии, восходящие к имени Саган (например, Саганов). Но Сагандукова выделяется именно редким сочетанием «дука» в основе, что указывает на конкретный диалектный вариант имени, не получивший массового распространения.