Фамилия Саганенко — украинская по своему происхождению, что выдает характерный суффикс -енко. В XVII–XIX веках этот суффикс был главным маркером фамилий на территории Левобережной и Слободской Украины (современные Полтавская, Сумская, Харьковская, Черниговская области). В буквальном смысле он означал «маленький» или «сын»: Саганенко — это «сын Сагана» или «потомок Сагана». В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые чаще указывали на принадлежность отцу, -енко фиксировало родство по прямой мужской линии, но в более широком, патронимическом смысле.

Основа фамилии — прозвище Саган. Здесь возможны два основных объяснения. Первое: «саган» в южнорусских и украинских говорах — это диалектное название большой сковороды, казана или чугунка. Прозвище Саган могли дать повару, человеку, который варил кашу на всех, или же просто коренастому, приземистому мужчине — по ассоциации с формой посуды. Второе, не менее вероятное, — тюркское происхождение. В крымскотатарском и турецком языках слово «саган» (или «сахан») означает «таз», «миска» или «большое блюдо». Учитывая многовековое соседство украинских земель с Крымским ханством и Османской империей, прозвище могло прийти в быт вместе с тюркской утварью и закрепиться за торговцем или изготовителем такой посуды.

Спорная, но менее убедительная версия возводит «Саган» к крестильному имени. Например, в некоторых источниках упоминается редкое имя Сага (сокращение от имени Исаакий или Савватий), но форма «Саган» для него нехарактерна. Скорее всего, перед нами именно прозвищная фамилия, а не производная от церковного имени.

Социально фамилия Саганенко относится к крестьянской и казацкой среде. В реестрах Запорожского войска и переписях Гетманщины фамилии на -енко составляли абсолютное большинство среди рядовых казаков и посполитых. Носитель такой фамилии в XVIII веке — это, скорее всего, свободный, но небогатый человек, чей предок получил прозвище по роду занятий или внешности. Дворянских родов Саганенко в Российской империи не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение.

Интересно, что фамилия Саганенко встречается и у белорусов, и у поляков (в форме Saganienko), но там она — результат поздней миграции украинского населения на запад. В самой Украине фамилия распространена неравномерно: чаще всего её носители встречаются в Полтавской и Черкасской областях, реже — на западе страны. Это еще раз подтверждает её привязку к историческому региону, где суффикс -енко был нормой, а не исключением.