Фамилия Сагантаев принадлежит к числу тюркских по происхождению, что сразу заметно по характерному суффиксу -ев. Если отбросить окончание, получим основу Сагантай. Это имя или прозвище, которое в тюркских языках, скорее всего, восходит к слову «саган» — так в ряде диалектов называли оленя или лося. Суффикс -тай (-тай) — распространенный в казахской, татарской, башкирской антропонимии аффикс, образующий имена-пожелания или прозвища. Таким образом, Сагантай могло означать «оленеподобный», «быстрый, как олень» или быть именем-оберегом, связанным с тотемным животным.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в среде казахов или башкир, где имя Сагантай встречается и сегодня. Русский суффикс -ев добавился уже при русификации, когда в XIX–XX веках инородческие фамилии приводили к стандартной русской модели. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, носил личное имя Сагантай, а его дети или внуки стали записываться как Сагантаевы.

Существует и менее вероятная версия, связывающая основу с монгольским «цагаан» — белый. Но для тюркских языков, особенно для казахского и башкирского, «саган» в значении «олень» фонетически и семантически убедительнее. Тем более что олень — важный персонаж в мифологии и охотничьем быте степных народов.

Географически фамилия тяготеет к южному Уралу и западному Казахстану. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении от одного или нескольких родов. Сословно предки Сагантаевых могли быть как кочевниками-скотоводами, так и охотниками — в зависимости от региона. Крупных исторических деятелей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что типично для фамилий, возникших в сельской среде и не попавших в дворянские родословные книги.