Фамилия Сахон встречается нечасто, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, она заканчивается на твёрдый согласный, что сразу указывает: перед нами нестандартная модель. Скорее всего, это фамилия, пришедшая из другого языка или сохранившаяся в виде прозвища без типичного русского суффикса.

Самый вероятный корень — древнееврейское имя Сахон или Сахно. В библейской традиции оно связано с именем Исаак (Ицхак) через уменьшительную форму. У еврейских общин Восточной Европы такие сокращённые имена (Сахон, Сахно) были распространены как обиходные варианты. Фамилия могла закрепиться за человеком, которого в быту звали Сахоном, а затем перешла к его детям. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии без суффикса — обычное дело для еврейских фамилий, особенно в среде ашкеназов.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, — прозвище от диалектного глагола «сахать» или «сахнуть». В некоторых говорах это означало «сохнуть», «чахнуть», а в переносном смысле — «худой, сухой человек». Тогда Сахон — прозвище для высокого и худощавого мужчины. Однако такая модель образования (глагольная основа + суффикс -он) больше характерна для украинской и белорусской традиции, где фамилии вроде Сахон, Грибон, Хромон действительно встречаются.

Географически фамилия Сахон чаще фиксируется на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине. Встречается она и у еврейского населения бывшей черты оседлости. Единого сословного происхождения у неё нет: носителями могли быть и крестьяне, и мещане, и ремесленники.

В написании фамилии возможна путаница с похожей фамилией Сахно (через -о). Сахон и Сахно — это разные фамилии, хотя их корни, вероятно, одни и те же. Разница могла возникнуть из-за местного произношения или ошибок писарей при записи в метрические книги.