Фамилия Салагин образована от мирского имени Салага, которое восходит к слову «салага» — так в некоторых русских говорах называли рыбу, чаще всего плотву. Мирские имена, то есть нецерковные, были широко распространены на Руси до конца XVII века. Родители нарекали ребёнка Салагой не потому, что желали ему рыбной судьбы, а потому, что верили: имя-оберег сделает дитя «своим» для природы, и к нему перейдут качества, приписываемые этой рыбе — живучесть, юркость, умение ускользнуть от опасности.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Салагин буквально означает «сын Салаги», «ребёнок Салаги». По той же модели построены фамилии Ершов (от ёрш), Окунев, Щукин, Карасев. Интересно, что в отличие от них, где основа прозрачна, слово «салага» сегодня ассоциируется с молодым неопытным человеком, новичком, особенно в армии и на флоте. Но это значение вторично и появилось позже, уже в XIX веке, в морской среде, куда его, вероятно, принесли поморы, у которых «салагой» называлась мелкая рыбёшка. Так что фамилия сохранила более древний пласт языка, связанный с рыболовным промыслом, а не с насмешливым прозвищем.

Версия о происхождении от имени Салага — основная и наиболее правдоподобная. Альтернативные объяснения, например, от тюркского корня, выглядят натянуто: фамилия встречается преимущественно в северорусских регионах, где рыболовство кормило людей испокон веку, и где слово «салага» в значении «плотвичка» бытовало в диалектах.

Один из самых известных носителей фамилии — герой Великой Отечественной войны капитан третьего ранга Я. Т. Салагин. Командуя северным отрядом кораблей флотилии, он эвакуировал ленинградских женщин и детей, вывозил раненых бойцов, подвозил сражающимся дивизиям боеприпасы и пополнение, поддерживал их огнём корабельной артиллерии. В одном из рейсов Салагин был ранен, но оставался на мостике, пока не привёл корабль в базу. Для фамилии, связанной с водой и рыбой, такая морская судьба носителя выглядит почти символично — как будто древнее значение имени всё же настигло потомка.