Фамилия Салькеев — один из тех случаев, когда история фамилии упирается в этнический и языковой пограничье. Внешне она выглядит как типичная русская фамилия с суффиксом -ев, но её основа — Салькей — почти наверняка не славянского происхождения. Чтобы понять её корни, нужно смотреть не в сторону древнерусских имён, а в сторону тюркских языков Поволжья.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским именем Салькей (или Салый, Салке). В татарском, башкирском и чувашском языках корень «сал» означает «плот», «сплавной лес», но в именах он часто выступает как часть сложного имени или прозвища. Салькей могло быть уменьшительной формой от имени Салим (здоровый, невредимый) или Салих (праведный, благочестивый). В тюркской ономастике характерно образование имён с аффиксом -кей/-гай, придающим ласкательный или уменьшительный оттенок. Таким образом, Салькей — это «маленький Салим» или просто «Салимушка».

Фамилия Салькеев — типичный пример адаптации нерусского имени к русской фамильной модели. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крещёными татарами, мишарями или чувашами, которые в XVII–XIX веках вошли в состав русского служилого или крестьянского сословия. Суффикс -ев указывает на патронимическую модель: «сын Салькея». Географически фамилия наиболее характерна для территорий бывшей Казанской, Симбирской и Самарской губерний — зоны активного контакта славянского и тюркского населения.

Встречается и альтернативная, менее убедительная версия — от русского слова «сало» или прозвища Салько (человек, связанный с салотопней). Но она плохо объясняет наличие мягкого знака в основе и конечного -ей, которое для русских прозвищ нехарактерно. Фонетически Салькей гораздо органичнее звучит в тюркском ряду: Ахметкей, Ибрайкей, Байкей.

Социальный состав носителей фамилии разнообразен. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Салькеевы встречаются и среди государственных крестьян, и среди мещан, и в среде татарского служилого дворянства, которое после принятия православия нередко меняло фамилии, но сохраняло исходное имя предка. Поэтому утверждать, что все Салькеевы — потомки какого-то одного рода, нельзя: фамилия могла возникнуть в разных семьях независимо.