Фамилия Самардина женская, а мужской вариант — Самардин. Она принадлежит к распространённому типу русских фамилий с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Самардин — сын Самарды. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Самарда.

Корень здесь — «самар-», который в русских говорах связан с глаголом «самарить» (медлить, копаться, возиться) или с существительным «самара» (долгая, медлительная работа, а также неповоротливый человек). В словаре В. Даля зафиксировано слово «самара» в значении «копун, мешкотный человек» — скорее всего, именно так прозвали предка носителя фамилии. Менее вероятна, но возможна связь с гидронимом Самара (река или приток Волги), однако для прозвищного происхождения это менее типично: фамилии от названий рек обычно оформляются суффиксом -ский (Самарский).

Особенность фамилии в том, что в основе — не каноническое имя, а диалектное слово, которое почти вышло из употребления. В дореволюционных переписях фамилия Самардин встречалась в основном в центральных и поволжских губерниях, что подтверждает её связь с местными говорами. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — прозвище давалось за характер или манеру работы, а не за ремесло.