Фамилия Самаря почти наверняка связана с городом Самара. Но не с тем, что стоит на Волге, а с древним городом в Палестине, который в русской традиции часто называли Самарией, а его жителя — самарянином или самарянином (с ударением на второй слог). В церковнославянских текстах, особенно в Евангелии, слово «самарянин» встречается постоянно: вспомните притчу о добром самарянине. Именно это слово и легло в основу фамилии.

Модель образования здесь редкая для восточнославянских фамилий. Обычно от названий народов или жителей местности образовывали фамилии с суффиксами -ов/-ев (Самарин, Самарский) или -ин (Самарянин). Форма Самаря — это усечение, «стяжка» от полного «Самарянин» или «Самарянов». Такое явление встречается, когда длинное прозвище или имя в быту сокращали до короткого и удобного произношения. То есть предок мог числиться в документах как Самарянин, а в устной речи и в более поздних записях превратился в Самаря.

Вероятнее всего, фамилия имеет прозвищное происхождение. Прозвище Самаря (или Самарянин) могли дать человеку, который побывал в паломничестве в Святой земле, или тому, кто отличался особым милосердием, как евангельский персонаж. Реже — приезжему с южных территорий, где слово «самарянин» могло быть связано с самарскими степями или с Самарой-городом, но эта версия слабее, потому что для обозначения жителя города Самара логичнее была бы фамилия Самаров или Самарский.

Географически фамилия встречается нечасто, но прослеживается в южнорусских и украинских регионах, а также среди потомков духовенства, где библейские имена и прозвища были особенно распространены. По сути, Самаря — это короткая, почти «домашняя» форма от книжного, церковного прозвания, которая закрепилась как фамилия.