Фамилия Саменков образована по классической русской модели с суффиксом -ов, который присоединялся к основе, оканчивающейся на твердый согласный. В данном случае основой послужило имя или прозвище Саменко, а точнее — его краткая форма Саменок. Если разобрать цепочку до конца, то мы выйдем на крестильное имя Семён: в разговорной речи оно дало множество производных форм, и одна из них — Саменя или Саменок. Так в старину могли звать сына, внука или просто молодого человека по имени Семён, а фамилия Саменков буквально означала «потомок Саменка».

Именования, образованные по той же модели, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого, и модель с суффиксом -ов/-ев была самой распространенной у русских, белорусов и украинцев. Однако у фамилии Саменков есть любопытная особенность: в ней сохранился беглый гласный. В имени Саменок при склонении гласная выпадает (Саменка, Саменку), и фамилия закрепила именно эту, исходную форму родительного падежа. Такое встречается реже, чем привычные Семенов или Семёнов, и делает фамилию более архаичной по звучанию.

Стоит упомянуть и альтернативную версию, хотя она менее правдоподобна. Некоторые исследователи допускают, что в основе могло лежать не церковное имя, а мирское прозвище, связанное, например, с диалектным словом «самёнок» — так в некоторых говорах называли самостоятельного, бойкого ребенка. Но учитывая, что форма Саменко как уменьшительное от Семён встречается в документах XVII–XVIII веков повсеместно, именно версия с крестильным именем выглядит убедительнее.

География фамилии сегодня не привязана к одному региону: Саменковы встречаются и в центральной России, и в Поволжье, и в Сибири. Это закономерно: фамилия не дворянская и не редкая, она возникла в крестьянской или посадской среде, где отчество в форме притяжательного прилагательного становилось фамилией естественным путем. Никаких следов знатного происхождения или громких исторических личностей с этой фамилией не сохранилось, но именно в этом ее ценность — она честно рассказывает о простом предке, которого звали Саменком, то есть Семёном.