Фамилия Самогин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, что она значит, нужно разобрать её по составу и отбросить самые очевидные, но ложные догадки.

Первое, что приходит в голову — связь с «самогоном». Однако для фамилии это маловероятно. Слово «самогон» вошло в широкий обиход достаточно поздно (в XIX–XX веках), а фамилии на -ин в массе своей образовались от прозвищ и имён, бытовавших в XV–XVII веках. Если бы предка прозвали за пристрастие к домашнему крепкому напитку, скорее появилась бы фамилия Самогонов, а не Самогин. Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность к лицу, чьё имя или прозвище оканчивалось на -а или -я.

Куда правдоподобнее, что в основе фамилии лежит некалендарное (мирское) имя или прозвище Самога. В русских говорах слово «самога» могло означать «самоуверенный, своенравный человек», «тот, кто сам себе голова». В словаре Владимира Даля есть глагол «самогать» — «своевольничать, делать по-своему». Таким образом, Самогин — буквально «сын Самоги», потомок человека с независимым, упрямым или самобытным характером.

Менее вероятная, но возможная версия — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия местности, например, речки или урочища Самога. Такие гидронимы встречаются на севере России, но документальных подтверждений массового бытования фамилии именно в тех краях нет.

С точки зрения словообразования, это типичная русская «патронимическая» фамилия (отвечающая на вопрос «чей?»), но с нестандартной основой. В отличие от массовых Иванов или Петров, Самогин — пример фамилии, образованной от редкого прозвища, которое сохранило память о личных качествах далёкого предка. Носителей этой фамилии немного, и географически она встречается разрозненно, что подтверждает её неродовой, «одиночный» характер возникновения в разных ветвях.