Фамилия Самоха — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные суффиксы -ов, -ев или -ин. В основе лежит не крестильное имя, а усечённая форма от «Самоха» — так в старину называли человека, который всё делает сам, без помощников. В словаре русских народных говоров «самоха» — это «самодел», «самоучка», тот, кто полагается только на себя. В некоторых говорах слово имело ироничный оттенок: само́ха — упрямец, который ничьих советов не слушает.

Словообразовательная модель здесь архаичная. Обычно фамилии без суффикса (так называемые «усечённые») появлялись в северных и сибирских говорах, где прозвища часто становились фамилиями напрямую: Самоха, Нелюб, Горемыка. Это отличает фамилию от более поздних вариантов вроде Самохин или Самохов, которые образованы через притяжательный суффикс. Если Самохин — это «чей?» (сын Самохи), то Самоха — это сам прозвищный предок, и фамилия закрепилась за ним без формального патронимического оформления.

Географически фамилия встречается редко, но с заметной концентрацией в Вологодской и Архангельской областях, а также в Сибири, куда переселенцы унесли северный говор. В этих краях слово «самоха» бытовало в прямом значении — «самодельный», «сделанный своими руками». Возможно, предок Самоха был мастером-одиночкой: плотником, кузнецом или бондарем, который работал без артели.

Вторую, менее вероятную версию предлагают некоторые ономасты: Самоха могло быть уменьшительной формой от канонического имени Самуил (через разговорное Самоил). Но в этом случае мы бы ожидали фамилию Самоилов или, по крайней мере, Самохин — с суффиксом, указывающим на отчество. Прямое бытование прозвища Самоха как самостоятельного имени в переписных книгах XVII века фиксируется редко, что делает «прозвищную» версию основной.

Фамилия не имеет отношения к слову «самогон» или «самохвал» — это народная этимология, не подтверждённая диалектными словарями. На письме фамилия устойчива: ударение на второй слог (Само́ха), и в исторических документах встречается только в такой форме, без вариантов через «о» (Сомоха) или с двойной буквой.