Фамилия Самородняя — яркий пример того, как женская форма фамилии может быть не просто производной от мужской, а самостоятельным и даже более архаичным вариантом. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, форма на -ий/-ая (Самородний, Самородняя) указывает на модель, характерную для южнорусских и украинских земель, а также для некоторых фамилий, образованных от прилагательных. Если бы фамилия имела стандартное окончание, она звучала бы как Самородов, но здесь мы видим иной, более редкий путь образования.

Основа фамилии — слово «самородок». В прямом смысле это кусок руды или металла природной чистоты, но в переносном, прозвищном значении так называли талантливого человека, который добился успеха без образования и связей, «самородка». Прозвище Самородок, а затем и фамилия Самородний могли закрепиться за человеком, который выделялся природной смекалкой, мастерством или необычной внешностью. В некоторых говорах «самородком» называли также незаконнорождённого ребёнка, но эта версия менее вероятна: прозвище скорее хвалило, чем осуждало.

Суффикс -н- в основе (Самородн-) и окончание -яя указывают на то, что фамилия образована от притяжательного прилагательного, отвечающего на вопрос «чей?» — «Самороднего» (человека, сына). То есть Самородняя — буквально «жена или дочь Самороднего». Это типичная «женатая» форма, которая была распространена в среде казачества и крестьянства юга России и Украины, где женщину часто называли по фамилии мужа в женском роде, и эта форма закреплялась в документах.

Географически фамилия Самородняя встречается в основном в Краснодарском крае, Ростовской области, на Кубани и в восточных областях Украины. Это неудивительно: именно в казачьих и крестьянских общинах этих регионов были живы традиции фамилий-прилагательных. Интересно, что в некоторых архивах можно встретить вариант Самородня — с усечением окончания, что тоже характерно для украинского влияния.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии Самородняя в XIX веке относились к государственным крестьянам или казакам, редко — к мещанам. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение. Фамилия не попала в массовые справочники, но её корень — «самородок» — один из самых живых и понятных в русском языке, поэтому этимология не вызывает споров.