Фамилия Самойловский отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность человеку по имени Самойло. Это производная форма крестильного имени Самуил, которое в переводе с древнееврейского означает «услышанный богом». Таким образом, буквальное значение фамилии — «сын Самойлы», то есть потомок человека, носившего это имя.

Суффикс -ский отличает эту фамилию от более распространённых «русских» моделей на -ов и -ин. Такая словообразовательная модель типична для польской шляхты и украинской старшины, а в России она закрепилась за духовенством. Семинаристам часто меняли фамилии на «благозвучные» с суффиксом -ский, но в данном случае, скорее всего, перед нами не искусственное новообразование, а указание на географическое происхождение: Самойловским могли называть выходца из села или местечка Самойловка, которых немало на Украине и юге России. В этом случае фамилия неразрывно связана с именем основателя поселения, того же Самойлы.

Процесс формирования фамилий был длительным, и окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Самойловских можно лишь на основании глубоких генеалогических исследований. Сейчас фамилия встречается преимущественно в среде потомков украинских и южнорусских родов, а также в среде духовенства, где подобные формы именования были особенно распространены в XVIII–XIX веках.