Фамилия Самухина — женская форма фамилии Самухин, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования здесь типичная для русского Севера и центральных областей: основа на -ух- плюс притяжательный суффикс -ин. Суффикс -ух- в русских прозвищах и фамилиях встречается нечасто, но он выразителен. Он мог указывать на внешнюю черту (например, «кривуха» — кривой человек) или на характер действия («толкуха» — тот, кто толчётся без дела). В основе «Самух-» лежит либо личное имя, либо прозвище.

Вероятнее всего, корень восходит к просторечной форме крестильного имени Самуил. В народной среде имя Самуил в бытовом общении сокращалось до Самуха — по той же модели, что Михаил давал Мишу, а Павел — Пашу. Суффикс -ух- здесь выполнял ласкательно-уменьшительную роль, но мог закрепиться и как постоянное прозвище. Таким образом, Самуха — это «маленький Самуил» или «Самуил, которого ласково зовут». От этого прозвища и пошла фамилия: Самухин сын, то есть потомок Самухи.

Менее распространённая версия связывает фамилию с прозвищем Самуха от глагола «самушить» — в некоторых говорах так называли суетливого, непоседливого человека. Но эта гипотеза слабая: глагол редкий, и его связь с фамилией не подтверждается ономастическими справочниками. Работы Б. Унбегауна и А. Суперанской указывают на то, что фамилии на -ухин чаще образуются от личных имён, а не от нарицательных слов.

Географически фамилия Самухин (и Самухина) тяготеет к северным и центральным губерниям России — Архангельской, Вологодской, Костромской. Это согласуется с моделью на -ин, которая особенно характерна для этих регионов. В южнорусских и украинских землях та же основа дала бы фамилию Самушенко или Самухович.

Социальный контекст простой: предки Самухиных были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия фиксируется в переписных книгах XVII века, например, в Вологодском уезде встречаются крестьяне Самухины. Никакого дворянского или купеческого следа у этой фамилии нет — она осталась в народной среде.