Фамилия Самухин образована от просторечной формы старинного канонического имени Самуил. В переводе с древнееврейского оно означает «услышанный Богом», «испрошенный у Бога» или «имя Божие». На Руси имя Самуил не принадлежало к числу самых распространённых, но в народной среде оно быстро обрастало уменьшительными и обиходными вариантами. Одним из таких вариантов и стало имя Самуха — лаконичное, «домашнее» прозвище, которое закреплялось за человеком в быту и в документах.

Модель образования фамилии проста и типична для русской ономастики: к основе Самух- добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность. То есть Самухин — это буквально «сын Самухи», потомок человека, носившего это имя. Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно присоединялся к основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный, и в данном случае он работает именно так. Подобным образом строились и другие фамилии от народных форм библейских имён: скажем, от имени Данила — Данилкин, от Иван — Ивашкин, от Самуил — Самухин.

Интересно, что имя Самуил в народной традиции имело и другие просторечные ветви, например Самуйла, от которого пошла фамилия Самуйлов. Самухин стоит в этом ряду особняком: если Самуйлов напрямую повторяет звучание полного имени, то форма Самуха более самобытна и могла возникнуть в среде, где имена перекраивались под привычный славянский слух. В этом смысле фамилия Самухин — живой след того, как книжное, церковное имя осваивалось повседневной речью.

Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане, и служилые люди. Поскольку имя Самуха не было дворянским или исключительно аристократическим, фамилия распространялась в основном среди простого населения, преимущественно в центральных и северных губерниях России, где патронимические фамилии на -ин встречались особенно часто. География бытования фамилии сегодня широка, но каких-либо узкорегиональных особенностей написания или произношения не зафиксировано.

Спорных версий происхождения у фамилии практически нет. Иногда пытаются связать её с тюркскими корнями или с топонимами, но это выглядит натянуто: имя Самуха как производное от Самуила засвидетельствовано в русской народной традиции, и именно эта версия объясняет и форму, и значение фамилии без лишних допущений. Потомок человека по имени Самуха — вот самое простое и точное объяснение, которое не требует привлекать дальние языки или искусственные конструкции.