Фамилия Сапухин — один из тех случаев, где за простым звучанием скрывается неочевидная этимология. Основа фамилии — прозвище Сапуха, а оно, скорее всего, восходит к глаголу «сапать» — в русских говорах это значило «копать, рыть, мотыжить землю». Сапухой называли либо человека, который постоянно возится с землёй (огородника, землекопа), либо, по другой версии, неопрятного, чумазого — того, кто «засапался», выпачкался. Менее вероятна связь с тюркским «сап» (рукоятка, черенок) или с «сапом» (вид сыпи у лошадей) — эти значения не дали устойчивого прозвища в русской среде.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Сапухин буквально означает «сын Сапухи». Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще возникали от названий профессий (Кузнецов) или мирских имён (Волков), прозвищные фамилии на -ин плотнее привязаны к индивидуальной характеристике человека. Сапухин — не про род занятий, а про внешнюю или поведенческую черту.

Географически фамилия редкая, её очаги — в центральных и северных областях России: Владимирская, Костромская, Нижегородская, а также в Вятке. В этих регионах слово «сапать» было в ходу, а значит, и прозвище могло возникнуть независимо в разных местах. Встречаются и однокоренные варианты: Сапунов, Сапунков, Сапожников — но последнее уже от другого корня (сапог). Сапухин стоит особняком, и его не стоит путать с Сапуновым: у них разная основа (Сапуха против Сапуна), хотя оба прозвища могли описывать человека, склонного копошиться в земле.

Интересная деталь: в некоторых говорах «сапуха» означала не только человека, но и инструмент — мотыгу или тяпку. Если прозвище закрепилось за мастером, делавшим такие орудия, то фамилия могла перейти в разряд профессиональных. Но это лишь гипотеза: прямых документальных подтверждений такого перехода для Сапухина нет. Основная версия — прозвище по действию или внешности — остаётся наиболее правдоподобной.