Фамилия Сания — редкий случай, когда корень не бросается в глаза, а суффикс отсутствует. В русской модели фамилий на -ов, -ин, -ский это нетипично. Чаще всего такие фамилии — результат поздней адаптации иноязычных имён или прозвищ, либо же они образованы от женского имени напрямую, без дополнительных формантов.

Вероятнее всего, основа фамилии — арабское имя Сания (Саният). Оно переводится как «вторая», «возвышенная», «благородная» или «лучистая». В мусульманских культурах (татарской, башкирской, кавказских) это имя давали девочкам, часто второй дочери в семье. Фамилия могла закрепиться за потомками женщины по имени Сания — либо через отчество, которое со временем превратилось в фамилию (как у народов, где фамилии складывались из имени отца или матери), либо как прозвище мужа или сына «Сания» — «тот, кто принадлежит Сании».

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским корнем «сан» (число, почёт) или «сания» (секунда, мгновение). Но в этом случае фамилия скорее была бы записана как Саниев или Санияров. Отсутствие суффикса говорит о том, что фамилия, скорее всего, не проходила через стандартную русскую канцелярию XIX века, а бытовала в среде, где фамилии фиксировали по имени главы семьи без изменений.

Географически фамилия Сания встречается в Татарстане, Башкортостане, на Северном Кавказе и среди выходцев из Средней Азии. В русских метриках она почти не фиксируется. Сословно носители могли быть крестьянами, мещанами или духовными лицами в мусульманских общинах — точных данных нет, но арабское имя указывает на связь с исламской традицией.

Особенность фамилии — её графическая простота и редкая модель. В отличие от большинства русских фамилий, она не меняется по родам (как Кузьма, Соболевский), а стоит в форме именительного падежа, что сближает её с украинскими или белорусскими фамилиями на -а, но с другим корнем.