Фамилия Сарафеня — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, что сразу указывает на нерусскую или, точнее, невеликорусскую модель образования. Скорее всего, перед нами фамилия западнорусского, украинского или белорусского происхождения, где суффикс -еня (-еня) часто служил для образования фамилий от личных имён или прозвищ (сравните: Гавриленя, Тимошеня, Иваненя). В таком случае Сарафеня — это «сын Сарафы» или «человек Сарафы».

Самое интересное — основа «Сараф». Она не имеет прямого отношения к сарафану (одежде), хотя внешнее сходство может ввести в заблуждение. В основе, вероятно, лежит крестильное имя Серафим (от древнееврейского «серафим» — огненный, ангел). В народном произношении имя могло трансформироваться в «Сарафим», а затем и в краткую форму Сарафа. Далее по западнорусской модели от Сарафы образовали фамилию Сарафеня. Таким образом, фамилия могла означать «потомок того, кого звали Серафимом».

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с прозвищем от диалектного глагола «сарафанить» (суетиться, болтать без дела) или с тюркским корнем, но это уже область догадок. Первая версия — ономастическая, и она надёжнее, поскольку опирается на распространённый способ образования фамилий от церковных имён. Носители фамилии Сарафеня, скорее всего, происходят из среды крестьян или мещан Западной Украины или Беларуси, где такие патронимические формы были обычны.