Фамилия Сарафин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, связанное с церковным чином. Её ядро — слово «сарафин», искажённая форма от «серафим» (ангельский чин). В русских говорах, особенно на юге и западе, аканье и упрощение произносительных норм давали такие варианты: «сарафим» вместо «серафим» и, как следствие, «сарафин» через замену конечного «м» на «н» (по аналогии с фамилиями на «-ин»).

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс «-ин» указывает на принадлежность. Сарафин — буквально «сын Сарафина» или «человек Сарафина». Но здесь важно различие: в отличие от фамилий, образованных от крестильного имени Серафим (как Серафимов, Серафимович), Сарафин скорее всего пошёл от прозвища. Серафимом в народе могли прозвать человека за ангельский нрав, кротость, или, напротив, иронично — за внешнюю святость, не соответствующую поведению. Второй вариант: прозвище могли дать причетнику или пономарю, который пел на клиросе про серафимов, отсюда и закрепилось.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где аканье было особенно сильным. В документах XVIII–XIX веков встречаются крестьяне и мещане с такой фамилией в Воронежской, Курской и Харьковской губерниях. В северных и центральных областях России преобладало бы написание «Серафимов» или «Серафинский», поэтому Сарафин — маркер определённого диалектного ареала.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются связать фамилию с тюркским корнем «сараф» (меняла, ростовщик) или арабским «шараф» (честь), но это натяжка: фонетически «сарафин» слишком далёк от этих слов, а русская модель с суффиксом «-ин» и типичное для восточнославянских говоров искажение «серафим» → «сарафин» — убедительнее. Никакой «цыганской» или «еврейской» этимологии у фамилии нет, хотя носители могли быть разного вероисповедания.

Таким образом, предки носителя фамилии Сарафин — скорее всего, крестьяне или духовного звания люди, получившие прозвище по церковной лексике, жившие в полосе южнорусского аканья. Фамилия сохранила в себе живой народный говор, который не подчинялся книжной норме.