Фамилия Савоненко напрямую связана с народной формой крестильного имени Савва — Савон. В переводе с древнееврейского имя Савва означает «старец» или «мудрец», что наложило отпечаток на восприятие рода. Однако интересна не только смысловая нагрузка, но и сама модель образования, которая выводит нас на украинскую почву.

Суффикс -енко в украинской ономастике — один из самых распространённых патронимических маркеров. Он указывает на «сына» или «потомка»: Савоненко буквально значит «сын Савона». Если бы фамилия формировалась в великорусских землях, мы бы скорее увидели форму Савонов, но именно суффикс -енко выдаёт юго-западное, украинское или белорусское происхождение рода. Такие фамилии массово закрепились в Поднепровье, на Левобережной Украине и в южных степных регионах в XVI–XVII веках, когда казацкая старшина и крестьянство активно переходили от прозвищ к наследственным именованиям.

Здесь стоит сделать важное уточнение. Существует расхожее мнение, что фамилии от полных форм имён носили только знать. Но в случае с Савоненко мы видим обратный процесс. Полное имя Савон использовалось в народной среде как вполне обиходное, а не только как уважительное обращение к старейшине. В украинских говорах форма «Савон» была естественным фонетическим вариантом, как, например, «Опанас» от Афанасий. Поэтому версия о том, что предки носителей фамилии принадлежали к социальной верхушке, — скорее исключение, чем правило. Гораздо правдоподобнее, что родоначальник был обычным крестьянином, казаком или мещанином, которого соседи звали просто Савоном, а его дети по традиции стали писаться Савоненками.

Отдельного внимания заслуживает редкий для русского уха вариант написания. Встречаются искажённые формы — Саваненко или Савоненко с двойной «н» (Савонненко), что связано с особенностями записи фамилий в метрических книгах XIX века. Писарь мог удваивать согласную для благозвучия, но это не меняет корневую основу.

Если говорить об однокоренных фамилиях, то к этому гнезду относятся Савонов, Савонюк, Савонькин, а также Савченко — самая массовая форма от того же имени. Сравнение показывает, что Савоненко сохранило более архаичную народную основу, тогда как Савченко — результат дальнейшего усечения. Это делает фамилию ценным маркером для генеалога: она указывает на конкретный говор и регион, где имя Савва бытовало именно в форме Савон.