Фамилия Сайдаков образована от имени или прозвища Сайдак. Основа восходит к тюркскому слову «сайдак» (или «саадак») — так в старину называли полный набор вооружения конного лучника: лук с налучьем и колчан со стрелами. В русских говорах слово закрепилось в значении «лук с налучником» или «вооружение воина в целом». Прозвище Сайдак могли дать либо искусному стрелку, либо мастеру, изготавливающему луки и колчаны, либо просто человеку, чья внешность или походка напоминали натянутый лук.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Сайдаков буквально значит «сын Сайдака». Фамилия относится к числу относительно редких, но её тюркская основа не редкость для южнорусских и поволжских регионов, где исторически было сильное татарское и башкирское влияние. Встречаются однокоренные фамилии Садаков, Саидаков, иногда с чередованием гласных в корне — это следы диалектного произношения.

Не стоит путать фамилию с кавказскими вариациями вроде Сайдаев или Сайдагов — там иная словообразовательная модель. Сайдаков же чётко вписывается в восточнославянскую схему от прозвища, связанного с военным делом. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был служилым человеком, казаком или стрельцом, владевшим луком — до эпохи массового распространения огнестрельного оружия это было престижно и профессионально.

Встречаемость фамилии невысока, но она равномерно распределена по центральной России и Уралу, что подтверждает её происхождение от прозвища, а не от топонима или крестильного имени.