Фамилия Сайдаковы образована от имени или прозвища Сайдак, и её след ведёт в тюркскую языковую среду. Основа здесь — слово «сайдак» (в тюркских языках — «саадак»), которое означало полный набор вооружения всадника: лук с налучьем и колчан со стрелами. В русском языке это слово закрепилось как «саадак» или «сайдак» — так называли весь конный доспешный комплект для стрельбы из лука.

Прозвище Сайдак могли дать умелому лучнику, воину, который славился владением этим оружием. В XV–XVII веках, когда русские земли активно взаимодействовали с татарскими и башкирскими родами, такие прозвища переходили в фамилии. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Сайдаков — сын Сайдака. Форма множественного числа Сайдаковы закрепилась как родовое обозначение, особенно в среде казачества и служилых людей южных и восточных рубежей России.

Есть и другая, менее вероятная версия: от арабского имени Саид (счастливый, удачливый) через диалектное произношение «Сайдак». Но она не объясняет появления твёрдого суффикса -ов (от Саида естественнее было бы Саидов), поэтому первая гипотеза — с военным прозвищем — выглядит убедительнее.

Географически фамилия Сайдаковы чаще всего встречается в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане — в тех регионах, где исторически селились казаки и где тюркское влияние на русскую антропонимию было особенно сильным. Встречаются и варианты написания: Сайдаков (единственное число) и Сайдаковы (родовое). Сословно предки могли быть как казаками, так и крестьянами, получившими фамилию по отцу-ветерану или мастеру стрельбы.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Саадаков, Садаков — показывает, что исходное слово могло видоизменяться в зависимости от диалекта и письменной фиксации. Сайдаковы — один из тех родов, чья фамилия прямо отсылает к военному ремеслу эпохи, когда лук и стрелы были главным оружием степной войны.