Фамилия Сайдакова — женская форма, а её мужской вариант Сайдаков. В основе фамилии лежит тюркское имя или прозвище Сайдак. В тюркских языках, от татарского до башкирского и казахского, «сайдак» (или «саадак») означает колчан для стрел, то есть часть конского и воинского снаряжения. Человек, получивший такое прозвище, мог быть либо искусным лучником, либо мастером, делавшим колчаны, либо просто воином, при котором этот атрибут был заметен.

Суффикс -ов в фамилии Сайдаков — классический русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Сайдака». Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья, где тюркские имена и прозвища русифицировались при переходе в православие. В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, здесь сработала модель с основой на твёрдый согласный.

Географически фамилия Сайдакова встречается в основном в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это неслучайно: именно там прозвище, связанное с конным бытом и военным делом, было понятно и употребительно. Встречается фамилия и у русских старожилов Сибири, куда её могли занести переселенцы из тех же краёв.

Стоит отметить, что у фамилии есть и менее вероятная, но возможная версия: от имени Сайдак как варианта арабского имени Саид (счастливый, господин). Однако связь с конкретным предметом — колчаном — выглядит более правдоподобной, поскольку такие «вещные» прозвища в тюркской среде были распространены шире, чем заимствованные арабские имена в чистом виде. В любом случае, носитель фамилии Сайдакова может с высокой долей уверенности считать, что его предок был человеком, так или иначе связанным с военным делом или конной охотой.