Фамилия Сайдатова — женская форма мужской фамилии Сайдатов. Её основа, скорее всего, восходит к арабскому имени Саид (счастливый, благополучный, господин) через тюркское посредничество. В тюркских языках имя Саид часто приобретало форму Сайда, а добавление суффикса -ат могло указывать на множественное число или собирательность. В этом случае Сайдат можно понять как «потомок Саида» или «из рода счастливого».

Другой, менее вероятный вариант — происхождение от тюркского слова «сай» (галька, мелкий камень) с добавлением аффикса -дат, но такая модель встречается редко. Фамилия явно не русская по корню, а образована по русской модели с суффиксом -ов/-ев, характерным для фамилий, возникших у народов Поволжья, Северного Кавказа или Средней Азии. Это типичный случай, когда нерусское имя или прозвище адаптировали под русскую фамильную систему.

Встречаемость фамилии Сайдатова невысока, она сосредоточена преимущественно в Дагестане, Чечне и среди татар. В этих регионах имя Саид и его производные (Сайда, Сайдулла) были широко распространены, поэтому предок носителя фамилии мог быть уважаемым человеком — старшиной, муллой или просто человеком, которого прозвали «счастливцем». Суффикс -ат в основе может указывать на то, что фамилия закрепилась не за одним человеком, а за целым родом или аулом.

Фамилия Сайдатова почти не встречается в дореволюционных метрических книгах центральной России, что подтверждает её позднее оформление (вторая половина XIX — начало XX века) в ходе русификации документов на окраинах империи. Сравните с однокоренной фамилией Саидов — она встречается гораздо чаще, а вариант Сайдатов явно локальный, возможно, диалектный.