Фамилия Сайдукова образована от мужского имени Сайдук, которое, в свою очередь, восходит к популярному у тюркских народов имени Саид (Сайд). В переводе с арабского «саид» означает «господин», «повелитель», «счастливый» или «удачливый». Уменьшительно-ласкательная форма с тюркским суффиксом -ук/-ук (Сайдук) закрепилась в качестве прозвища или некалендарного имени. Такая модель словообразования — от основы личного имени через суффикс принадлежности — типична для русских фамилий, особенно на территории бывшего Казанского ханства и сопредельных областей, где веками шло смешение славянского и тюркского населения.

С точки зрения морфологии, фамилия Сайдукова — это женская форма от Сайдуков, образованная по стандартной русской модели: к основе на согласный добавляется суффикс -ов/-ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Сайдуков сын, Сайдукова дочь). Мужской вариант — Сайдуков. Фамилия недвусмысленно говорит о том, что родоначальника звали Сайдук, и он, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркоязычного народа, принявшего православие. В метрических книгах XIX века такие фамилии нередко фиксировали у крестьян и мещан Поволжья и Приуралья.

Географически фамилия Сайдукова чаще всего встречается в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане. Это коррелирует с зоной расселения башкир и татар, где имя Саид и его производные были особенно популярны. Встречаются и более редкие варианты написания — Сайдуков, Сайдуковский, но основная форма остаётся стабильной.

В отличие от фамилий, образованных от названий ремёсел или прозвищ, Сайдукова не даёт прямого указания на занятие предка. Зато она чётко маркирует его этническое происхождение и вероисповедный путь: от мусульманского имени к православной фамилии. Это типичный пример того, как личное имя, став фамилией, сохраняет память о дохристианском или иноверном прошлом семьи.