Фамилия Сайдуков образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от имени или прозвища с помощью патронимического суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Сайдук — это тот, чьим отцом был человек с основой Сайд-.

Ключевой вопрос — в основе. Самое прямое объяснение: Сайд — это вариант личного имени Саид, которое имеет арабское происхождение и означает «счастливый», «господин», «предводитель». Имя широко распространено у народов, исповедующих ислам, в том числе у татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии. В русской среде фамилия Сайдуков могла появиться у крещёных татар или у выходцев из тех регионов, которые переходили в православие и получали фамилию от дохристианского имени отца.

Версия с тюркским корнем не менее вероятна. В тюркских языках «сай» может означать «каменистое русло реки», «мель», «галька», а «дук» — суффикс, образующий прилагательные. Тогда прозвище Сайдук могло относиться к человеку, жившему у такой реки или на каменистой почве. Однако в русской ономастике фамилии с тюркскими корнями чаще образуются от личных имён, чем от географических терминов, поэтому версия с именем Саид выглядит предпочтительнее.

Фамилия Сайдуков — относительно редкая. Она имеет характерный признак: в ней нет русского суффикса -ин, который обычно присоединяется к основам на -а/-я. Наличие -ов говорит о том, что основа Сайдук воспринималась как мужское прозвище или имя, оканчивающееся на согласный. Это дополнительно подтверждает её нерусское происхождение: в русском языке имена на мягкий согласный или на -й редко давали фамилии на -ов без промежуточного суффикса.

Таким образом, предок носителя фамилии Сайдуков, скорее всего, был человеком по имени Сайд (Саид) или прозвищу Сайдук, жившим в среде, где смешивались русские и тюркские или кавказские традиции. Фамилия не даёт точного указания на сословие: её мог носить и крестьянин, и служилый человек, и купец, в зависимости от региона и времени.