Фамилия Седнякова образована от мужской формы Седняков, а та, в свою очередь, — от прозвища или нецерковного имени Седняк. Основа здесь — прилагательное «седой», то есть белый, серебристый от старости, а суффикс -як (сравните: добряк, толстяк) указывал на человека, обладающего этим признаком в высокой степени. Седняком на Руси называли человека с очень светлыми, седыми волосами, причём не обязательно пожилого — седина могла быть ранней или врождённой. В некоторых говорах слово «седняк» имело и переносное значение: так могли прозвать степенного, умудрённого опытом мужика, который «смотрит по-стариковски».

Модель образования фамилии — стандартная для русской ономастики XVII–XIX веков: патроним (отчество) на -ов присоединили к основе Седняк. Получилось «Седняков сын» — сын Седняка. Со временем притяжательное прилагательное закрепилось в качестве фамилии, а женская форма Седнякова возникла как естественное родовое окончание для дочери или жены.

В отличие от фамилий с корнем «сед-», где возможна путаница с диалектными словами (например, «седло» или «седеть»), здесь всё прозрачно: суффикс -як редко встречается в профессиональных прозвищах (как, скажем, у Бортняка или Рыбняка), но часто — в прозвищах по внешности (Беляк, Черняк). Поэтому версия о том, что Седняков — потомок человека с заметной сединой, выглядит наиболее надёжной. Владельцы этой фамилии могли быть крестьянами или мещанами центральных и северных губерний России, где суффикс -як был особенно распространён в прозвищах.