Фамилия Сефер — редкий случай, когда в основе лежит не славянское прозвище или имя, а слово, пришедшее из разных языковых традиций. Самый очевидный и частый путь — еврейский. В иврите «сефер» (ספר) означает «книга». Фамилия могла возникнуть как прозвище книжника, переписчика священных текстов или человека, занимавшегося обучением грамоте. Вторая версия, менее распространённая, но возможная для носителей из тюркской среды: «сефер» — искажённое арабское «сафар», то есть «путешествие» или «плавание». В таком случае фамилию могли дать моряку, купцу или паломнику. Третий, совсем редкий вариант — от тюркского имени Сефер, которое в некоторых диалектах означало «счастливый» или «удачливый».

Фамилия не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин), поэтому в документах она часто остаётся несклоняемой. Это указывает на сравнительно позднее закрепление в русской среде — скорее всего, в XIX–XX веках, когда фамилии фиксировали по паспортам без переделки на славянский лад. Встречается она в основном у еврейского населения бывшей черты оседлости (Украина, Беларусь, Молдова), а также у крымских татар и народов Северного Кавказа, где арабские корни проникли через исламскую культуру.

Словообразовательная модель проста: фамилия образована напрямую от нарицательного существительного или личного имени без добавления суффикса. Это характерно для «искусственных» фамилий, которые давали при переписях, или для прозвищ, перешедших в фамилию без изменений. В отличие от фамилий вроде Сеферов или Сеферовский, форма «Сефер» не указывает на принадлежность кому-то («чей сын?»), а скорее описывает самого человека: «книжник», «путешественник» или просто «Сефер».

Если сравнивать с однокоренными, то в еврейской традиции есть фамилия Сеферов (с русским суффиксом), а также Софер — вариант того же корня, означающий «писец» или «переписчик Торы». В тюркском ареале встречается фамилия Сафаров, образованная от того же арабского «сафар», но уже с типичным для тюркских и иранских языков суффиксом принадлежности.

Социальный портрет предков с фамилией Сефер, скорее всего, связан с интеллектуальным трудом (учитель, писарь, раввин) или с торговлей и мореходством, если верна тюркская версия. Сословная принадлежность могла быть любой — от мещан и купцов до духовенства, но среди дворян эта фамилия не встречается. Точных данных о массовом распространении нет, но она остаётся узнаваемой и несёт в себе отпечаток книжной культуры Востока.