Фамилия Сеферова — женская форма, а её мужской вариант — Сеферов. В основе лежит мужское личное имя Сефер, которое в русской среде стало прозвищем или неканоническим именем. Само имя Сефер восходит к древнееврейскому слову «сефер» — книга, свиток. В иудейской традиции это слово многозначно: им обозначали не только книгу, но и писание, документ, а в переносном смысле — учёного человека, книжника. Поэтому Сефером могли назвать грамотея, писца, учителя или человека, связанного с религиозным текстом.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («сын Сефера» или «из рода Сефера»). Такая модель характерна для русских фамилий, которые складывались в XV–XVII веках, но основа Сефер — не исконно славянская, а заимствованная. В России фамилия Сеферов встречается нечасто, её география тяготеет к регионам с компактным проживанием горских евреев — Дагестан, Кабардино-Балкария, а также к Краснодарскому краю. Среди горских евреев имя Сефер было распространено как традиционное, и фамилия могла закрепиться именно в этой среде.

Есть и другая, менее вероятная версия: в тюркских языках есть слово «сефер» (поход, путешествие, военный поход), заимствованное из арабского. Если фамилия возникла в тюркоязычной среде, её основа могла указывать на человека, который много странствовал или участвовал в походах. Но против этой версии говорит то, что суффикс -ов/-ев — типично русский, а для тюркских фамилий чаще характерны другие форманты (-оглу, -заде). Скорее всего, перед нами русская фамилия, образованная от семитского по происхождению имени, и её носители — потомки книжников или учёных людей, чьё прозвище со временем закрепилось как родовое имя.