Фамилия Секретар — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не прозвище, а должность, причём в своей первоначальной, дореформенной форме. В отличие от привычных Секретарёвых, образованных по стандартной модели «профессия + -ев», здесь мы видим фамилию без суффикса, так называемую «чистую» основу. Такие фамилии в русской среде встречаются нечасто, они характерны для украинской, белорусской и польской традиции, где прозвище или название занятия легко становилось наследственным именем без дополнительных окончаний.

Слово «секретарь» пришло в русский язык через польское посредство из латинского secretarius — «доверенное лицо, хранитель тайн». В XVI–XVII веках секретарь — это не просто писарь, а высокопоставленный чиновник при посольском или думном деле, владеющий тайнописью и государственной перепиской. Позже, в XVIII–XIX веках, секретарями называли канцелярских служащих, письмоводителей, а также выборных должностных лиц в городском и земском самоуправлении. Поэтому носитель фамилии Секретар мог происходить как от человека, занимавшего заметную административную должность, так и от мелкого конторщика — в зависимости от региона и времени.

Особенность написания — без мягкого знака на конце. Это либо след украинской или южнорусской фонетики (где «рь» часто редуцируется), либо фиксация старого произношения. В документах XIX века можно встретить варианты Секретарь, Секретаров, но форма Секретар указывает на выходца из среды, где фамилии записывали «на слух», без оглядки на литературную норму. Географически такие фамилии тяготеют к юго-западным губерниям Российской империи — Киевской, Подольской, Волынской, а также к Кубани и Дону, где осели переселенцы.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду с Дьяк, Писарь, Подьячий — все они указывают на грамотного человека при власти. Но если Дьяк или Подьячий — однозначно служилые люди допетровской эпохи, то Секретар мог быть и чиновником нового времени. Важно и то, что эта фамилия — не от имени Секретарий (такого не было), а напрямую от названия должности, что делает её прозрачной для этимологии, но редкой по частоте.

В современных базах фамилия Секретар встречается спорадически, в основном на юге России и в восточных областях Украины. Это не массовая фамилия, а штучная — её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких родов, где предок действительно занимал должность секретаря и получил прозвище, закрепившееся за потомками.