Фамилия Секретарь — один из редких случаев в русской ономастике, когда фамилия образована не от имени, прозвища или профессии предка, а напрямую от его должности. Это так называемая «номинативная» фамилия, то есть слово без изменений перешло в фамилию, минуя стандартные суффиксы -ов, -ев, -ин. В русской традиции такие фамилии встречаются нечасто, и почти все они относятся к позднему периоду — XVIII–XIX векам, когда фиксация фамилий стала обязательной для низших сословий.

Основное значение — «писарь, делопроизводитель». В дореволюционной России секретарь был не просто помощником начальника, а важной канцелярской должностью: коллежский секретарь, губернский секретарь, секретарь уездного суда. Это был человек грамотный, владеющий бумагой. Фамилия могла закрепиться за потомками либо чиновника, либо крепостного, которого в документах записали по его занятию — «Секретарь Иванов». Второй вариант: в некоторых диалектах «секретарём» могли в шутку называть грамотея или плута, умеющего ловко составить прошение.

Географически фамилия редкая, но встречается на юге России и в Малороссии (Украина), где под влиянием польской традиции бессуффиксные фамилии были распространены шире. Сравните с однокоренными: Секретарев, Секретарёв — эти уже «обрусели» через суффикс. Если фамилия пишется через «е» после «р» (Секретарь), а не через «ё», это указывает на книжное, а не устное происхождение: слово заимствовано из латыни через польский или немецкий, и в бытовой речи ударение могло падать на последний слог.

Обратите внимание: фамилия не склоняется по падежам, если принадлежит мужчине («у Петра Секретаря»), но склоняется, если речь о женщине («у Анны Секретарь»). В современных носителях фамилия часто вызывает ассоциацию с современной профессией, но исторически её носитель не был машинисткой — он был человеком с пером и чернильницей, стоявшим на нижней ступени бюрократической лестницы, но при этом — грамотным, что в крестьянской среде было редкостью.