Фамилия Секретарев (и её вариант написания Секретарёв) — классический пример «профессионального» прозвища, перешедшего в фамилию. Её основа — прозвище Секретарь, которое закрепилось за человеком, чья работа была связана с делопроизводством: письмоводителем, канцелярским служащим или личным помощником руководителя. Потомки такого человека со временем получили фамилию Секретарев, отвечающую на вопрос «чей ты будешь?» — из семьи Секретаря.

Слово «секретарь» пришло в русский язык через немецкое посредство из латыни, где secretarius означало «доверенное лицо, ведущее тайные дела» (от secretus — «отделённый, тайный»). Однако в России эта должность появилась не сразу, и история её становления напрямую связана с развитием государственного аппарата.

В конце XV века на Руси возникли первые приказы — центральные органы власти, а вместе с ними приказные избы на местах. Именно в их недрах зародилась системная работа с документами, и постепенно сформировался слой профессиональных чиновников, которые вели переписку, оформляли указы и хранили бумаги. Но сам термин «секретарь» в официальном обиходе закрепился позже, когда Пётр I в 1720 году ввёл эту должность в новой системе коллегий, заменивших устаревшие приказы. Двенадцать коллегий, каждая из которых ведала своей отраслью и подчинялась Сенату, требовали грамотных исполнителей, и секретари стали важным звеном бюрократической машины.

Любопытно, что в XIX веке профессия вышла за пределы государственных учреждений. В 1840 году личные секретари появились у руководителей крупнейших по тем временам Путиловского и Невского заводов, а затем и на многих других предприятиях. Это стало признанием того, что без таких специалистов не обойтись и в частном бизнесе. А в 1868 году в Харькове открылись первые секретарские курсы — раньше, чем в США (1879) и значительно раньше, чем в Англии и Франции (1900–1907). Так что предок-Секретарев мог быть не только казённым чиновником, но и служащим у промышленника, а его прозвище — не просто указанием на должность, а знаком уважения к человеку, владеющему пером и знающему канцелярскую премудрость.

Сама фамилия образована по простой и продуктивной модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный. Если бы прозвище звучало как Секретарь, то фамилия ожидаемо получилась Секретарёв, и именно такое написание с ё считается исторически точным. Вариант Секретарев через «е» — это результат более поздней традиции письма, когда букву ё в документах заменяли на «е». В бытовом общении разница не слышна, но в архивных записях можно встретить обе формы, и они обозначают один и тот же род.