Фамилия Секретарьова с ударением на последний слог — женская форма от мужской Секретарьов. В основе лежит слово «секретарь», но не в современном значении помощника руководителя. В старину секретарём называли письмоводителя, дьяка или чиновника, ведущего делопроизводство. Такая должность существовала в приказах, канцеляриях и помещичьих усадьбах. Соответственно, предок носителя фамилии либо сам занимал эту должность, либо служил у такого человека — например, был крепостным или работником «при секретаре».

Суффикс -ов- в сочетании с окончанием -а указывает на притяжательный характер: «чей?» — «Секретарьов». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от названий профессий и должностей (ср. Писарев, Ключарёв). Однако в фамилии Секретарьова есть особенность: в корне сохранилось буквосочетание -арь-, характерное для книжных заимствований из латыни через польское посредство (лат. secretarius). В народной среде такие слова часто искажались или заменялись, но здесь форма осталась близкой к официальной.

Встречается фамилия преимущественно в южнорусских регионах — на Дону, Кубани, а также в бывших украинских землях Российской империи. Там должность секретаря в войсковых и станичных канцеляриях была распространена, и прозвище могли дать по отцу или деду. Вариант написания с мягким знаком (Секретарьов) — более старый и правильный с точки зрения этимологии; современная орфография иногда заменяет его на Секретарев, но это уже вторичное упрощение.

Не стоит путать фамилию с более редкой Секретарёва (от «секретарь» в значении «тайный агент» или от прозвища Секретарь) — в Секретарьова исходное слово явно указывает на письменную работу. Таким образом, предки носителей этой фамилии, скорее всего, имели отношение к делопроизводству и грамотности, что в дореволюционной России выделяло их среди основной массы крестьянства.