Фамилия Секрета — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, не связано с профессией канцеляриста или тайной перепиской, а имеет ироничный бытовой корень. В русской среде слово «секрета» в XIX веке употреблялось в значении «тайник, потайное место» или «уловка, хитрость». Человека с таким прозвищем могли назвать за скрытность, умение хранить чужие тайны или, наоборот, за привычку постоянно что-то прятать. Впрочем, не исключено, что прозвище давали и тому, кто любил подшучивать, «строить секреты» — то есть придумывать хитрые планы или розыгрыши.

Словообразовательная модель проста: фамилия застыла в форме родительного падежа единственного числа — «Секрета». Это указывает, что предок, скорее всего, был известен в своей общине именно под этим прозвищем, и его дети стали Секретами. В отличие от типичных русских фамилий на -ов или -ин, здесь нет патронимического суффикса, что делает её схожей по типу с фамилиями Ворона, Синица или Голова — так называемые «акающие» фамилии, образованные от прозвищ без дополнительной морфологии.

Географически фамилия встречается крайне редко, преимущественно в южнорусских и украинских регионах, где были сильны традиции прозвищного именования. Важно не путать её с фамилией Секретарёв или Секретов — те уже прямо указывают на должность писаря или секретаря. Секрета же — прозвище личное, не связанное с чином.

Версия о происхождении от церковного имени Секрет (от латинского secretus — «отдельный, тайный») маловероятна: такое имя не входило в православные святцы и не было распространено. Так что основная гипотеза — прозвищная, бытовая, и в ней больше народной наблюдательности, чем тайны.