Фамилия Селенков происходит от прозвища или нецерковного имени Селенко. В основе лежит корень «селен-», который может восходить к слову «селеный» — в старых русских говорах так называли зеленовато-серый цвет (от «селеный» — «серо-зеленый»). Человек мог получить такое прозвище по цвету глаз, одежды или, например, масти лошади.

Другая версия связывает основу с диалектным глаголом «селить» или существительным «село»: Селенко — уменьшительная форма от прозвища Село. Так могли назвать крестьянина, жившего на новом месте, переселенца, или просто человека, родившегося в крупном селе, а не в деревне. Эта гипотеза менее вероятна, потому что суффикс -енк(o) в восточнославянских фамилиях чаще указывает на уменьшительно-ласкательную форму личного имени или прозвища, а не на прямую связь с географическим термином.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе на -о (Селенко) добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означало «сын Селенка». В русской ономастике такой способ — один из самых распространенных: он закрепился в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей центральных и северных областей России.

Фамилия редкая и локальная. По данным современных справочников, большинство носителей Селенковых сосредоточено в Вологодской и Костромской областях — это совпадает с ареалом бытования суффикса -енк(о) в прозвищах. Встречается также вариант написания Селенко (без суффикса -ов) — он типичен для украинской и белорусской традиции.

Однокоренные фамилии — Селезнёв, Селяков, Селенский — имеют разные корни и не связаны с Селенковым напрямую. Единственный близкий по модели вариант — Селенкин, где суффикс -ин указывает на ту же основу, но по женскому роду («чей?» — Селенкин).