Фамилия Сельнюков — одна из тех, чей корень уводит в прошлое прозвищ и местных говоров. В её основе почти наверняка лежит слово «сельня» или «сельник». В диалектах русского языка «сельня» — это не только крестьянский дом или усадьба, но и, в некоторых областях, небольшой сеновал, сарай для сена. Реже «сельником» называли жителя села, сельского жителя, но такое значение проще и менее характерно для прозвищ.

Суффикс -юк- в фамилии Сельнюков указывает на её украинское или белорусское происхождение. В этих языках суффикс -юк (-ук) был распространённым способом образования фамилий от прозвищ или названий занятий: он означал «сын» или «потомок» человека с таким прозвищем. То есть Сельнюк — это первоначально «сын Сельня» или «потомок Сельника». А уже к основе на -юк добавился типичный русский суффикс -ов, который обычно «обрусил» фамилию при переезде семьи в центральные или северные регионы. Так из украинского Сельнюк получился русский Сельнюков.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии получил прозвище Сельня или Сельник не за место жительства, а за то, что строил или ремонтировал сельни, то есть хозяйственные постройки для сена. В крестьянском быту это было заметным и полезным ремеслом. Вторая, менее вероятная версия — происхождение от имени Сельня как уменьшительной формы от Сельван (Сильван) или от редкого имени Сельник, но такие случаи единичны.

Географически фамилия Сельнюков чаще всего встречается в южнорусских областях и на границе с Украиной — в Курской, Белгородской, Воронежской губерниях. Там же бытовала и форма без суффикса -ов — Сельнюк. Сословно предки Сельнюковых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — однодворцами.

В написании фамилии важно не путать её с похожей фамилией Сельников: разница в суффиксе (-ник- против -нюк-) сразу выдаёт разную географию и модель образования. Сельнюков — более редкий вариант, сохранивший диалектный отпечаток.